La citometría de flujo se puede realizar en muestras con una composición inherentemente fluídica (sangre completa, efusiones cavitarias) y en aspirados de órganos (p. ej., ganglios linfáticos, médula ósea) recolectados en un medio fluido. Se necesitan células intactas y bien conservadas para obtener resultados precisos. En consecuencia, generalmente se necesitan muestras de 48 horas o menos para garantizar la viabilidad celular.

Los volúmenes de las muestras pueden variar, según el tipo de muestra (p. ej., sangre completa versus aspirado de órgano), y se debe consultar al laboratorio antes de recolectar la muestra.

El laboratorio puede tener recomendaciones adicionales relacionadas con la recolección y el envío de muestras. Por ejemplo, según los tiempos de tránsito de las muestras, puede ser recomendable enviar las muestras a principios de la semana para evitar demoras que se extiendan durante el fin de semana.