Cualquier agente infeccioso específico que se sospeche clínicamente debe anotarse en el formulario de envío; algunos organismos tienen requisitos específicos de crecimiento (por ejemplo, cultivo anaeróbico, medios especiales) que pueden no utilizarse rutinariamente en los laboratorios a menos que el patógeno se haya citado como diagnóstico diferencial.

Las técnicas de laboratorio y las capacidades para las pruebas microbiológicas varían; sin embargo, la mayoría de las pruebas se basan en el crecimiento o la visualización de organismos viables intactos o en la detección de los ácidos nucleicos y las proteínas de estos patógenos. Por lo tanto, las muestras no fijadas (tejidos, fluidos, etc.) deben recogerse de forma aséptica y enviarse rápidamente para evitar su degradación.

Si existe la posibilidad de realizar un cultivo microbiano de una muestra de fluido como la orina o un derrame cavitario, deberá enviarse una alícuota separada del fluido en un recipiente estéril y sin aditivos. Los tubos que contienen EDTA u otros conservantes suelen ser ideales para la evaluación citológica, pero inaceptables para el cultivo.

Si se van a realizar ensayos de PCR, es especialmente importante evitar la contaminación cruzada entre varios animales de un envío; este principio se aplica a tejidos, fluidos e incluso instrumentos de disección.

Además, los hisopos para el análisis PCR no deben colocarse en medios de transporte a base de agar o carbón, y deben evitarse los hisopos de alginato de calcio. En su lugar, se deben enviar aplicadores estériles con punta de algodón o poliéster en un tubo, ya sea secos (sin medio de transporte.

Los requisitos para el ensayo PCR pueden variar mucho según la prueba PCR específica, por lo que se recomienda encarecidamente consultar al laboratorio receptor antes de obtener la muestra.

Algunos protocolos de pruebas pueden permitir la agrupación de muestras de órganos de un individuo; sin embargo, en general es preferible que cada tejido se recoja en bolsas o tubos estériles separados y claramente etiquetados para su envío. Las muestras de intestino nunca deben mezclarse en un recipiente con otras muestras de tejido.

Los tejidos y fluidos para la mayoría de los ensayos microbiológicos pueden congelarse antes del envío, pero la congelación no suele ser aconsejable si las muestras pueden refrigerarse y entregarse directamente en el laboratorio en las 24 horas siguientes a su recogida.

Las excepciones a esta regla incluyen el análisis de ciertas toxinas, como las de Clostridium perfringens y C botulinum, en las que la degradación de la toxina debe evitarse mediante la congelación inmediata tras la recogida. Debe proporcionarse un refrigerante adecuado para que las muestras permanezcan refrigeradas (o congeladas) hasta que lleguen al laboratorio.

Las muestras fecales para pruebas parasitológicas deben enviarse refrigeradas en recipientes adecuadamente sellados. La congelación puede tener poco impacto en las pruebas rutinarias de flotación o sedimentación, pero anulará la posibilidad del análisis de Baermann para larvas de nematodos. Los ectoparásitos o nematodos que se envíen para su identificación deberán presentarse en viales que contengan alcohol al 70%.